El desierto de Atacama estuvo este periodo gobernado por el Virreinato del Perú y luego, en la Indep. se crea la Rep. de Bolivia en el Alto Perú en 1825. Los territorios del norte no tenían un dueño claro y tanto Chile como Perú y Bolivia se sentían dueños. Los conflictos entre estos se inician cuando se descubren los yacimientos de salitre y de guano en el norte.
En los años 1865-66 Chile y Bolivia tras peleas menores y quejas diplomáticas optan por un tratado limítrofe, pero tras hallar los yacimientos de salitre en el Salar del Carmen y Plata de Caracoles, Bolivia pacta alianza secreta con Perú.
